Eesti Mälu Instituudi asutamise algatas president Toomas Hendrik Ilves 2008. aastal. Sihtasutuse asutajateks olid Leon Glikman, Rein Kilk, Jaan Manitski, Tiit Sepp, Hannes Tamjärv ja Indrek Teder. Instituudi eesmärgiks seati Eesti kodanikele põhjaliku ja objektiivse ülevaate andmine inimõiguste olukorrast Eestis Nõukogude Liidu okupatsiooni ajal.
Oma ülesehituselt sarnanes Eesti Mälu Instituut 1998. aastal president Lennart Meri poolt kokku kutsutud Inimsusvastaste Kuritegude Uurimise Eesti Rahvusvahelise Komisjoniga (IKUERK, tuntud ka kui Max Jakobsoni komisjon), mis uuris Saksamaa ja Nõukogude Liidu okupatsioonide ajal Eestis toime pandud inimsusvastaseid kuritegusid, lähtudes õigusliku raamina 1998. aastal vastu võetud Rahvusvahelise Kriminaalkohtu Rooma Statuudi definitsioonidest genotsiidi, inimsusvastaste kuritegude ja sõjakuritegude kohta. Eesti Mälu Instituut läheb kaugemale IKUERK-i uurimistööle seatud raamidest ning kogub oma uurimistöös andmeid ka nende inimõiguste rikkumise kohta Nõukogude okupatsiooni ajal, mis juriidilise definitsiooni järgi ei ole inimsusvastased kuriteod. Seetõttu võttis Eesti Mälu Instituut oma ajaloo-alase uurimistöö õiguslikuks raamiks Ühinenud Rahvaste Organisatsiooni poolt 1948. aastal vastuvõetud Inimõiguste Ülddeklaratsiooni.
Instituut on detailselt uurinud elu Nõukogude võimu ajal ja toetanud ka mälestuste kogumist, et täpselt ja ilma ideoloogiliste eelarvamusteta määratleda, kuidas ja mil määral Eestis inimõigusi rikuti. Samuti on instituudi ülesandeks aidata Eesti kodanikel paremini mõista, mida nii nemad ise või nende vanemad ja vanavanemad pidid läbi elama Nõukogude okupatsiooni ajal.
Ühinemine sihtasutusega Unitas
2017. aastal ühines Eesti Mälu Instituut sihtasutusega Unitas uueks sihtasutuseks, mis ühendab inimvaenulike režiimide ja ideoloogiate alase akadeemilise uurimistöö (Eesti Mälu Instituudi senine pädevus) ja teavitustöö (Sihtasutuse Unitas senine pädevus).
Sihtasutuse Unitas (endise nimega Kommunismikuritegude Uurimise Sihtasutus) asutasid 2008. aastal Mart Laar, Meelis Niinepuu ja Damian von Stauffenberg. Sihtasutuse eesmärgiks seati kommunistlike režiimide ja kommunistliku ideoloogia inimvaenulikkuse teadvustamine ning nende kuritegude rahvusvahelise hukkamõistmise taotlemine.
Aastatel 2008-2017 keskendus sihtasutus Unitas:
1) haridus- ja teavitustööle (õpetajate, noorsootöötajate ja noorte koolitamine; lähiajaloo ja inimõiguste alaste teabe- ning õppematerjalide ja –meetodite arendamine; noortele suunatud ajaloo- ja inimõiguste õppeprogrammide läbiviimine; konverentside ja avalike arutelude korraldamine; valdkondliku uurimis- ja teadustöö toetamine stipendiumite maksmise kaudu üliõpilastele ja teadlastele);
2) rahvusvaheliste koostöövõrgustike tugevdamisele (sihtasutus osales võrgustikes, mis ühendavad avaliku ja erasektori organisatsioone Euroopas; edendas õpetajate, ajaloolaste, avaliku ja erasektori organisatsioonide vahelist koostööd Läänemere piirkonnas; tegi koostööd USA ja Kanada organisatsioonide ja akadeemiliste institutsioonidega);
3) mälestusürituste korraldamisele (sihtasutus korraldas holokausti, märtsiküüditamise, juuniküüditamise ning kommunismi ja natsismi ohvrite mälestamisele pühendatud avalikke üritusi ja avalikku teavitust).
Ühinenud sihtasutus jätkab Eesti Mälu Instituudi nime ning mõlema sihtasutuse senise tegevusega.
Ühinenud sihtasutuse asutajad on SA Eesti Mälu Instituut ja SA Unitas.
Sihtasutus on Euroopa Mälu ja Süüme Koostöökogu liige.
